エヴォリアンとの戦いが終わり、平穏に過ごしていた凌駕たちの前に新たな脅威が現れる。20年ぶりに 爆竜チェンジし戦う彼らだが、その行動は人々から野蛮な破壊行為とみなされてしまう...。  　　令和の世、 彼らの正義は時代遅れのヒロイズムなのか?

故事发生在一座名叫玻璃浦的海滨小镇上，帝都大学物理学副教授汤川学（福山雅治 饰）因公来到此处，入驻了名为“绿岩庄”的旅馆。在旅馆里，汤川结识了名叫恭平（山崎光 饰）的男孩，奇怪的是，平常一接近小孩子就会浑身起疹子的汤川今次尽然安然无恙，这让敏锐的汤川对恭平产生了兴趣。  　　冢原正次（盐见三省 饰）的尸体被发现于岸边的碎石场上，他生前亦是绿岩庄的客人，为了寻找一名叫仙波英俊（白龙 饰）的杀人犯而来到玻璃浦。尽管冢原的死充满了疑点，但警方依旧判断，这只是一起意外坠落事件。为了调查事件的真相，岸谷美砂（吉高由里子 饰）随同僚们赶到了玻璃浦，让美砂感到奇怪的是，一向对案件避之而不及的汤川竟然主动请缨要求协助调查此事。

在那风之都市，无数暗影潜行，  　　曾几何时，一名硬汉在黑夜驰骋，独自背负罪孽，不顾双手班污，只为驱逐邪恶，替活于日光下的民众换取和平。  　　直至命运的邂逅，让他遇上某位满腔热血的半吊子  　　少年，  　　引导出“起始之夜”(Begin’s Night)，促使首位  　　二为一体的蒙面超人诞生—一  　　“来，细数你的罪恶吧!”

本剧改编自同名小说，讲述了天久鹰央（桥本环奈 饰）是天医会综合医院统括诊断部的部长，专门破解疑难病症，甚至能从医学角度解开超自然现象之谜。她聪慧过人，却性格冷漠、难以捉摸。前外科医生小鸟游优（三浦翔平 饰）被派遣至该部门，与她搭档。擅长揣摩人心的小鸟游，与不解人情的天才鹰央形成鲜明对比，如同华生与福尔摩斯般互补。两人性格碰撞，联手破解医学谜团，揭开隐藏的真相。

木下家の１日は、遥（河合優実）、妹の祈（根本真陽）そして母・愛子（田中麗奈）による食事の感謝の“祈り”から始まる。教団の教えに反するからと、高校生らしい友との遊びや部活を一切禁じられてきた遥。ある日、同じ教団の信者で同級生の義也とカラオケに繰り出すが、愛子の怒りを買い、やがて学校へ通うことを禁じられてしまう。かつて失敗が多く苦労してきた愛子は、誘惑の多い世界で娘に同じ苦しみを絶対に経験させたくなかった。  　　家族の中でただ一人信者ではない父・信二（森山未來）は、土日を返上して働いても貧しさから抜け出せず、家族に申し訳ないと感じていた。休みを得られたとある週末、家族みんなで水族館に行く提案をする。やっとかなった、家族のひと時。信二は、愛しい娘たちが「自分が信じる道を生きる」ことを願った。だがそれは、父の最期の愛情となってしまう。遥は父の急死を目の当たりにし、家族よりも神を優先させた母へ怒りをぶつけ、家を飛び出してしまう。一方祈は、孤独になってしまった母を守るため、より強い神への誓いを立てる。  　　遥が初めて接する、ネオンに包まれた“外”の世界。何をすれば良いか、どこに行けば良いか…混乱する。そして、通りすがりの男に声をかけられる。その男のつながりでキャバクラにて働く道を得た遥は、思いがけず、自分の心に押し込めていたものを噴出させる。それは、神から離れ母と妹を置き去りにしてきた罪の意識であり、遥を強く縛り続けていた。  　　数年が経ち、祈は変貌を遂げた姉の姿を目撃する。「家から抜け出しても神様が心から居なくならない」と葛藤する遥のつぶやきを聞き、祈は遥の手を包む。姉がようやく吐露できた苦しみに自らの思いを重ね合わせるように。  　　そして二人は、母のもとへと向かう。子どもたちをお腹に宿した時、その幸せを願ったはずの愛子は、遥と祈を受け入れることができるのか…。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。真相究竟如何……  　　本片为《名侦探柯南》第15部剧场版。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。  　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。  　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。  　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

每四年一届的体育界最大盛事——世界体育大会（世体会，WSG）即将在日本东京举行，届时时速达到惊人的1000公里的真空超导磁悬浮列车也将与世人见面。在世体会赞助商壮行会上，主办方宣布除了赞助方和嘉宾外，还将通过抽签的方式选出该列车首批荣幸之至的乘客。得到消息后，少年侦探团的各位跃跃欲试，殊不知意想不到的是突然发生。在壮行会上，许多高层领导接连遭到绑架。  　　危急关头，柯南与赤井秀一先后投入了与幕后真凶争分夺秒的抗争之中……

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。  　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。  　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。  　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。  　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。