故事发生在1905年，由黑道鬼逍堂血洗的丰城石家。24年后，天瀑寺的一茗大师也被鬼逍堂所杀，留下线索引导着他的俗家弟子上官云峰（朱一龙 饰）去寻找袁崇焕传说中的宝藏。在追踪宝藏的过程中，上官云峰发现了自己的身世之谜，原来他是当年石家惨案中唯一的幸存者，即石家的小儿子，并且藏宝图就画在他的背上。  　　然而，与上官云峰刚刚相认的亲生母亲却被鬼逍堂的人抓走，并威胁他交出宝藏来赎人。上官云峰面临着一个艰难的抉择：放弃民族大义将宝藏交给黑道，以换取母亲的安全，还是坚持原则将宝藏保留下来，不顾母亲的安危。电影展现了主人公内心的挣扎和道德考量。他必须权衡利弊，决定如何行动，这不仅关系到他个人的命运，还涉及到了民族大义和家庭情感的平衡。

日本驻上海领事馆平田正夫领事刚得手的一尊明朝年代的夜光杯被“飞鹰”抢走。平田领事只听说过来去无踪锄奸惩恶的“飞鹰”，却不知道“飞鹰”到底是谁，更没有见过“飞鹰”长什么样。为找回包藏着惊天秘密的夜光杯，平田领事兴师动众地向巡捕房报案，恐吓巡捕房蒲勇队长限期交出“飞鹰”。巡捕房蒲勇队长不卑不亢的态度让平田悻悻而归，平田只好依靠自己那帮手下不断制造血案，然后留下“飞鹰”的标记，栽赃于“飞鹰”，试图激怒“飞鹰”，从而达到让“飞鹰”现身的目的。平田的如意算盘落空，日本天皇给平田领事派来顶尖高手小野一郎，协助平田誓死夺回夜光杯。此时，夜光杯已经被“飞鹰”匿名送交给爱国人士叶百川保管研究。叶百川的爱女叶雯留学回国之前，叶百川手上的夜光杯被平田领事通过调虎离山之计夺走。夜光杯得而复失，叶百川百感焦急气血攻心，留下一腔爱国的热忱撒手而去。平田手段卑劣，栽赃于“飞鹰”，致使叶雯回国后认定“飞鹰”就是杀父仇人。平田惧怕“飞鹰”，巡捕房到处抓捕“飞鹰”，叶雯将“飞鹰”视为杀父仇人，殊不知早已有过一面之缘的打铁匠孟飞，就是上海滩传说中的“飞鹰”。孟飞担心叶雯的安全，以给叶雯做马夫的名义住进了叶雯的家，在叶雯化身“飞鹰”独闯平田领事馆时，孟飞暗中相助化险为夷，以其坦荡、热情的性格，逐渐获得叶雯的好感。巡捕房蒲勇队长的助手阿唐被平田手下杀害以后，蒲勇意识到要想对付平田，必须联手“飞鹰”。此时，蒲勇队长已经知道孟飞就是“飞鹰”。为让孟飞现身，蒲勇借助于叶雯，演了一出“双簧”，让孟飞从此揭开“飞鹰”的神秘面纱。既然“飞鹰”的秘密已经公开，孟飞决定配合蒲勇，重新夺回夜光杯。孟飞乔装成按摩的盲人混入平田领事馆，以“其人之道还治其人之身”的办法夺回夜光杯，巧妙地解开夜光杯上包藏的惊天秘密。按照夜光杯上包藏的秘密，孟飞等人在日月钟楼找到大批的国家宝藏。有投敌卖国的叶百川的学生子民的告密，平田领事随即赶来。经过一场生死恶战，孟飞成功地铲除了平田的掠夺野心，最终获得叶雯的爱情。

在民国时期，中国大陆正经历着军阀割据和混战的困局。日本在东北扶植伪满州政权，暗中策划侵华计划。与此同时，远东古玩黑市上出现了大量来自关外的珍贵文物。为了保护这些国宝，中央文物保护组织决定启动一项重要行动。他们在远东铁路枢纽哈尔滨秘密开设了一条专线铁路，旨在将关外收集到的国宝安全运送到关内。然而，九龙镇一带的满清秘藏成为了盗墓贼们争夺的目标，频繁的炸山事件引起了广泛关注。这一切表明，国宝专线的安全已经受到威胁，特别是日本军方对这条专线的察觉，使得保护工作变得愈发紧迫。  　　在这样的背景下，年轻的考古学家张一鸣和杜萧接到了文物保护组织的紧急任务。他们被要求在十天内完成一项艰巨的任务——将满清秘藏中的珍贵国宝送上即将取消的最后一班列车。他们两人虽然都是文弱书生，但都怀着一腔爱国热忱和丰富的考古知识。他们迅速前往九龙镇，面对着层层艰难的挑战，开始了紧张而充满危险的国宝守护之旅。他们必须充分利用自己的专业知识，克服重重困难，以确保这些珍贵的文物能够安全送达。

本片根据历史记载及民间传说的徐福东渡的故事为出发点，讲诉了民国时期的探险家寻找传说中蓬莱岛上的徐福宝藏，并为了保护中华宝藏，消灭日本特务的故事。本片通过设定主角陈启龙因为反感军阀混战而离开军队，成为探险家，每次所得佣金皆分给伤残军人这一设定，以及宁愿同归于尽，也不能让中华宝藏流落敌手的重要情节，塑造了大义凛然、充满正能量的中国探险家的形象。片中的日本特务吉冈，夺取中国的宝藏为侵略行动服务，侵略者的罪恶行径昭然若揭。军阀之女金娜为帮助父亲摆脱日本人控制，四处搜寻财宝，最后与吉冈同归于尽，这一悲剧性的结尾也揭露了军阀混战其实是列强的代理人战争的历史事实。

蝶妖事件之后，江湖依旧紧绷。扶桑时局纷乱，圣上忧心野心份子勾结大宋权贵，联手颠覆两国，遂派遣包拯继续查清案情。罔烟门突遭冰魔袭击，凌天川及众弟子接连遇害，江湖再次掀起血雨腥风。包拯认为此案与蝶妖事件如出一辙，却更复杂离奇。为复杀父之仇，凌潇只得继续依靠包拯之力求得真相。凌天川的死讯让另外两大势力玄火宗和迷影盟颇为震动，也开始各自盘算如何争夺盟主宝座。